厄尔尼诺作为一种自然现象、一种自然规律必然发生、不是以人类意志所能改变的，如果归之于温室气体的排放，显然只要没有偏见的专业人士都会认为是荒唐的，因为厄尔尼诺发源地南美洲国家恰恰是温室气体全球排放最少国家区域。厄尔尼诺发生的根本原因又恰恰是其特特殊的地理位置和特殊的海陆空间组合形成的；由于东半球陆地面积比西半球陆地面积大约两倍左右、加之靠近东半球的大洋洲陆地面积、决定了夏季北半球海洋水蒸气高压形成东南风、与此同时南半球冬季同样形成东南风；冬季北半球赤道东北风，南半球夏季东北风，这样无论什么季节、共同在赤道形成合力产生自东往西气流、洋流或称之为东风带（另外也可以这样理解：在同纬度太阳的照射条件下、东半球比西半球升温快气压低、（陆地比海洋热容量小、气温上升快）西半球气温低气压高）、因而在常年正常条件下、在太平洋中部、中南部自然形成一个海平面气流由东向西、高空热空气由西向东流的大气环流，或称之为沃克环流；。常年状态下的这一环流动力得益于赤道东风带共同推动，但随着这一环流的持续运动，东半球地面会因为来自西半球气流的不断堆积和雨水带来的气流下沉，地面气压会不断上升、高空会因为降雨气流下沉、气压下降气温上升（就像台风登陆降雨后会成为一个低气压）；另外由东向西海洋暖流持续提供同样会造成西部海域暖流堆积水温上升，导致海面气压上升，随着赤道西部海面气压上升、这一环流就会发生削弱变化，环流速度逐渐下降，而与此同时由于环流速度的下降太平洋中部、东部由于热量（大气和洋流热量）输送的减少，自然该区域海水温度就会上升，最终形成了西高东低逆向压差（印度洋、印尼与澳大利亚气压上升，东面的海面气压下降）和相对于南美洲陆地地面水气高压；除此之外还由于南半球夏季东北风没有北半球东南风强（南半球陆地不像北半球那样显著分布于太平洋西面），南半球中纬度西风带比北半球西风速度大（海洋辽阔），两者共同削弱了赤道东风带，于是厄尔尼诺现象就这样自然形成了，于是常规环流气候平衡打破了，使得原来的这一环流发生了逆转、气流流动与地球自转一致或称之为沃克环流东移。伴随着厄尔尼诺降临、地球上的降雨带随着气流方向逆转改变，也就自然发生了截然相反的重新分配变化，使得原本多雨区域干旱、原本干旱区发生洪涝灾害，随之全球气候气温热量分配也随着环流反向及雨量变化发生了相应改变。

但为什么伴随着厄尔尼诺的发生、太平洋东南部热带海域的海水表面温度会异常升高于周边海域呢？这是因为；第一由西向东的气流、洋流会堆积海水的热量、南美洲海岸线既缺少岛屿又呈喇叭状、使其具有汇聚海水热量作用、自然伴随着厄尔尼诺的发生、太平洋东南部热带海域的海水表面温度会异常升高、就不足为怪了。而与此相对应、形成鲜明对照的西太平洋在东南风的劲吹下、没有发生海温异常升高、其原因有4点；（1）东半球陆地面积大有利于散温（2）东半球海岸线长于西半球数倍且岛屿众多有利于吸收热量（3）靠近东半球的大洋洲有效的分散热量（4）通过红海和南非的好望角把海洋热量很好地扩散了出去；第二由于南半球夏季、地球距离太阳是最近距离太阳辐射量高、海洋吸收热量多；第三由于南半球海洋面积相对于陆地面积比北半球大几倍，决定了南半球陆地与海洋温差、气压差比北半球小，因而发生热交换气流、洋流循环速度慢，海水温度容易上升、海水温差容易增大，尤其是像赤道太平洋中部、中南部海域面积相对于南美洲陆地面积比是地球上最高的；第四由于南美洲大陆地形是一个倒三角形、北宽南窄，决定了厄尔尼诺形成后的气流流向集中于南美洲北端，如此结果是把热带太平洋热量汇聚于南美洲沿岸海域，而不是像北半球那样东南风海洋热量输送是分散的，于是在此四大因素共同作用下也就很自然形成该区域海面水温高的结果。

但为什么厄尔尼诺发生时间短强度大呢？原因有四点：其一由于正态气候循环平衡打破，取而代之的是截然相反干旱高温降雨低温分布；其二海温高、蒸发量大、气压高，气流推动力大、气流、洋流的反向循环造成气候灾害破坏力大，故发生强度大；其三由于热量损耗大、因而降温也快、西半球太平洋岛屿陆地少、气流阻力小、回补冷气流快、缩短了厄尔尼诺；其四全球赤道整体上是向西东风带，太平洋赤道中部东部气流向东反循环、毕竟只是局部，不可能决定全球气流趋向，厄尔尼诺是在宏观气候控制下的局部反向循环，决定了其发生时间短。

厄尔尼诺现象只不过是原来赤道中部东风带环流（地球热量交换和热力平衡）被打破后的一种特殊表现方式，是常态气候失去平衡后的一种非常态气候的补充修正。就像冬去春来四季循环那样自然，其本身并不能决定气候是否暖化，并不能因厄尔尼诺发生年、就是暖化年，也不会因为没有厄尔尼诺年份全球平均气温就低、事实上在常态条件下全球年间平均气温几乎是没有差异的。非要说厄尔尼诺是全球暖化的结果是没有依据的，因为无论任何气候年代都可能发生厄尔尼诺现象、即便是冰河时代同样有厄尔尼诺现象。

是地球海陆地理分布决定了厄尔尼诺现象发生：北半球夏季之所以东南风强盛、是因为陆地绝大部分在太平洋西面、所以北半球夏季海洋高压很自然吹向西北方向；反观太平洋中部南半球、太平洋中部东西两侧东面南美洲大陆面积是西面澳大利亚的2,3倍且两侧大陆距太平洋中部几乎相等，因而在正常条件下夏季太平洋中部气流本应吹向南美洲既西南风，是因为北半球冬季东北风和夏季北半球东南风阻挡了本应吹向南美洲的西南风，于是才产生了赤道气流方向摇摆结果，由此决定了气流、洋流热量扩散压差西向环流平衡的被打破。归根结底是南北半球海陆分布趋向不尽一致造成的结果，是南半球陆地分布不是绝对优势在太平洋西面造成的结果，正是这一结果造成南半球夏季偏西的东北风不像北半球东南风那样强，弱化了西向气流、促成了厄尔尼诺发生，除此之外南半球海洋的广阔促使了中纬度西风带比北半球强、同样弱化了西向气流、助推了厄尔尼诺，这绝非人力或主观意志所能改变的。

至于有人推测厄尔尼诺是火山引起的，那是没有依据的，因为厄尔尼诺发源地恰恰是火山喷发较少的区域、况且火山喷发也带动了海底冷水的上翻、反而可能会冷却了海面水温。也有人把厄尔尼诺归之于地球自转减慢、似乎地球自转减慢像刹车那样减慢了气流、洋流向西速度、因而引起了水温升高，这同样是没有道理的，因为地表气流、洋流运动是气压、水压驱使的结果、最终是热量平衡驱动的结果，绝不是地球自转快慢的结果（事实上地球自转是向东的力、自转减慢意味着向西速度加快），况且地球自转快慢变化既微乎其乎、也是有规律的，厄尔尼诺发生却是没有规律的，其次如果果真如此那么自转快就应该发生拉尼娜现象，事实上并非如此。那么气候暖化是否会增加厄尔尼诺强度频率呢？理论上说暖化的气候会有更多的温室气体增加结果（主要是水蒸气含量增加），可是温室气体增加会提高热量交换效率，从而降低温差、降低海水温差，另外光辐射会因为温室气体增加、高水蒸气含量的阻挡吸收而降低能量，导致海水水温降低（就像北方太阳能效率高于南方），同样会不利于厄尔尼诺发生，由此可见恰恰相反正是温室气体的减少降低、地球恒温功能的削弱、全球温差增大，才是增加推动极端气候厄尔尼诺发生频率强度的根本原因。厄尔尼诺发生频率增加可能往往意味着气候变迁温差增大的预兆。